389 पेपर
11 अध्ययनों से प्राप्त 123 प्रभाव आकारों (effect sizes) का यह मेटा-विश्लेषण महामारी के आकार और मेजबान-परजीवी सहविकास (host-parasite coevolution) के बीच एक सामान्य संबंध के लिए सीमित साक्ष्य पाता है, जो यह प्रकट करता है कि विकासवादी प्रतिक्रियाएं केवल महामारी की तीव्रता के बजाय अत्यधिक प्रणाली-विशिष्ट हैं और मेजबान वर्गीकरण एवं पारिस्थितिक संदर्भ पर निर्भर हैं।
यह अध्ययन *यूरा विटाटा* (Euura vittata) नामक सॉफ्लाई के परमाणु जीनोम में एकीकृत एक कार्यात्मक, पूर्ण माइटोकॉन्ड्रियल जीनोम की पहचान करता है, जो संभवतः हालिया अंतप्रवेश (introgression) का परिणाम है, और ऐसे NUMTs को विचलनशील हेटरोप्लाज्मी (divergent heteroplasmy) से अलग करने के लिए लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग की महत्वपूर्ण आवश्यकता पर प्रकाश डालता है।
यह शोध पत्र यह प्रदर्शित करता है कि डोमेन अनुकूलन (domain adaptation) तकनीकें जनसंख्या आनुवंशिकी में पर्यवेक्षित मशीन लर्निंग मॉडलों की सुदृढ़ता को महत्वपूर्ण रूप से सुधार सकती हैं, जिससे घोस्ट इंट्रोग्रेशन (ghost introgression) जैसी जटिल, अनमॉडल की गई विकासवादी प्रक्रियाओं के सटीक पता लगाने में सक्षम बनाया जा सके, भले ही प्रशिक्षण डेटा इन प्रक्रियाओं को समाहित करने में विफल रहा हो।
यह अध्ययन एक उच्च-गुणवत्ता वाले संदर्भ जीनोम असेंबली के निर्माण के माध्यम से, एक बड़े X गुणसूत्र और विशिष्ट GC संरचना परिवर्तनों सहित इसके अद्वितीय जीनोमिक आर्किटेक्चर का लक्षण वर्णन करते हुए, औरोडियोशियस (androdioecious) प्रजातियों में पाए जाने वाले प्रमुख आनुवंशिक लक्षणों के संरक्षण को प्रदर्शित करके *Caenorhabditis becei* को एक सुलभ गोनोकोरिस्टिक (gonochoristic) मॉडल जीव के रूप में स्थापित करता है।
यह शोधपत्र मानव जर्मलाइन उत्परिवर्तन दर संशोधकों का विश्लेषण करने के लिए अनिश्चित प्रभुत्व वाले म्यूटेटर एलील्स (mutator alleles) के लिए एक जनसंख्या आनुवंशिक मॉडल प्रस्तुत करता है, जिसमें यह पाया गया है कि अधिकांश ज्ञात वेरिएंट शुद्ध चयन (purifying selection) के अनुरूप हैं, जबकि यह सुझाव दिया गया है कि पता लगाने वाले पूर्वाग्रहों के कारण वर्तमान खोज प्रयासों में रिसेसिव म्यूटेटर्स (recessive mutators) के कम प्रतिनिधित्व की संभावना है।
एन्सेस्ट्री (Ancestree) एक एकीकृत संभावना-आधारित (likelihood-based) ढांचा है जो विविध इनपुट—जिसमें सादा वेरिएंट डेटा, पूर्वज पुनर्संयोजन ग्राफ (ancestral recombination graphs), और स्थानीय रूप से नमूना लिए गए वृक्ष शामिल हैं—के माध्यम से पूर्वज एलील्स का अनुमान लगाता है, जबकि जटिल उत्परिवर्तन परिदृश्यों को समायोजित करता है और मौजूदा उपकरणों की तुलना में विशेष रूप से आउटग्रुप जानकारी का लाभ उठाते समय, बेहतर सटीकता और मापनीयता प्रदर्शित करता है।
यह शोध पत्र DSTAR को प्रस्तुत करता है, जो एक नई विरलता-आधारित (rarefaction-based) विधि है जो पारंपरिक D सांख्यिकी की सीमाओं को दूर करते हुए मल्टी-लीनिएज डेटासेट में आउटग्रुप की आवश्यकता के बिना स्थानीय अंतःप्रवेश (local introgression) का सटीक पता लगाने में सक्षम बनाती है, जैसा कि आधुनिक पापुअन में डेनिसोवन प्रतिरक्षा-संबंधी डीएनए की इसकी सफल पहचान द्वारा प्रदर्शित किया गया है।
एक लेखांकन मॉडल को अनुकूलन ढांचे के साथ एकीकृत करके यांत्रिक संबंधों को कारण प्रभावों से अलग करते हुए, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि यद्यपि प्रारंभिक जीवन की प्रतिकूलता जीवन इतिहास के चरों को प्रभावित करती है, यह इस परिकल्पना का समर्थन नहीं करता है कि ऐसी प्रतिकूलता जंगली मादा बाबूनों में फिटनेस को अधिकतम करने के लिए प्रजनन प्रक्षेपवक्रों को त्वरित करती है।
IGPD और अन्य प्रोटीनों के एक व्यापक डीप म्यूटेशनल स्कैनिंग डेटासेट का विश्लेषण करके, यह अध्ययन विलायक-संपर्क (solvent-exposed) अवशेषों पर "सुपर प्रतिपूरक" (super compensatory) प्रतिस्थापनों के एक विशिष्ट वर्ग की पहचान करता है जो न केवल गैर-कार्यात्मक वेरिएंट में कार्य को बहाल करते हैं बल्कि विविध आनुवंशिक पृष्ठभूमियों में उत्परिवर्तनीय सुदृढ़ता (mutational robustness) को व्यापक रूप से बढ़ाते हैं।
यह शोध पत्र PartitionFinder-mAIC को प्रस्तुत करता है, जो IQ-TREE 3 में एक नई विशेषता है जो अधिक कुशल विभाजन योजनाओं (partitioning schemes) का चयन करने के लिए मार्जिनल एकीके सूचना मानदंड (marginal Akaike Information Criterion) का उपयोग करती है, जिसके परिणामस्वरूप पारंपरिक AIC और BIC विधियों की तुलना में कम विभाजन और बेहतर फाइलोजेनेटिक अनुमान सटीकता प्राप्त होती है।